El cáncer de mama es una enfermedad compleja y heterogénea en la que los pacientes pueden presentar síntomas similares y padecer la misma enfermedad por razones genéticas completamente diferentes. Los factores que contribuyen a esta heterogeneidad incluyen la variación en el genoma de cada paciente, las diferencias en el origen y la naturaleza de la célula tumoral y los eventos genéticos que contribuyen a la progresión del tumor. La recaída en cáncer de mama es una de las mayores causas de morbilidad en pacientes que desarrollan la enfermedad y, entre ellas, entre un 15-20% poseerán tumores de mama triple negativo (TN). La mortalidad de pacientes con cáncer de mama TN es considerablemente mayor si se compara con otros tumores mamarios, siendo complicado predecir respuestas individuales al tratamiento. Estos datos resaltan la necesidad de nuevas estrategias que integren información tanto clínica, como genética y molecular para poder predecir respuestas individuales a fármacos o la progresión de la enfermedad. En la presente tesis doctoral se ha realizado el estudio del estado de la región 11q23.3 y se ha identificado el biomarcador TRIM29, presente en dicha región. Se ha estudiado el estado del gen, la función de TRIM29 en líneas celulares de cáncer de mama, su relación en la proliferación, migración y la resistencia a tratamientos mediante Doxorubicina. Para llevar a cabo los objetivos propuestos realizamos diferentes experimentos basados en técnicas de biología molecular, celular y técnicas bioinformáticas. Para la hibridación mediante Hibridación Fluorescente in situ (FISH), se elaboraron sondas no comerciales a partir del marcaje de Cromosomas Artificiales Bacterianos (BACs), con la finalidad de visualizar el estado de la región genómica de interés. De un stock de 59 líneas celulares, obtuvimos DNA, RNA, y proteína, con el fin de estudiar el estado de la región génica y la expresión de TRIM29 a nivel de mensajero y proteína. Se seleccionaron las lineas celulares con diferente expresión de TRIM29 y se modificó su expresión con la finalidad de estudiar los efectos tanto a nivel funcional como para observar si variaba la co-expresion con genes relacionados positivamente. Por último, a nivel celular, estudiamos las diferencias en migración, proliferación y resistencia frente a los tratamientos, entre las líneas control y las modificadas. Además, se elaboraron Tissue Microarray (TMAs) de parafinas de 97 tumores de cáncer de mama para comprobar la expresión de expresión de TRIM29 en los diferentes subtipos grácias a los marcadores de clasificación estudiados en pacientes.

Breast cancer is a complex and heterogeneous disease where the patitets present the same syntomphs and suffer the same disease, but due to different genetic reasons. Some factors that contribute to this heterogeneity include patient genome variation, differences between the origin and the nature of the tumoral cell, and tumor progression due to genomic changes. Breast cancer recurrence is one of the biggest morbility causes in patients that suffer the disease, and 15-20% of them will develop triple negative breast cancer tumors (TN). Comparing it with other tumor subtypes, the mortality of patients harbouring TN tumors is higher, in part, due to the difficulty of getting personalized drugs. These data show the need to look for new drug strategy, where clinical, genetics and molecular data could be integred and compared. The main objetive in this Thesis is to analyze the genomic status of 11q23.3 chromosomal region and the gene TRIM29 that mapped at this region as a candidate biomarker of breast cancer proliferation and agressivenes but also as a of therapeutic response both in breast cancer cell lines and patients. To accomplish the objectives proposed, we will perform different experiments based in molecular biology, celular and bioinformatic techniques. In order to perform the fluorescence in situ hybridization (FISH), non-commercial probes where done by using labelled BACs. Starting from samples of DNA, RNA and protein of 59 cell lines, we will study the status of TRIM29 region and TRIM29 mRNA and protein expression level. Moreover, we have 600 DNA breast cancer patients and controls collection, where we will be able to study alterations in TRIM29 region, and we will try to relate the gain or the deletion with the different subtypes of breast cancer. Besides, Tissue Microarray (TMA) of 97 breast cancer patients will be used to observe the expression of TRIM29 in the different subtypes according to the inmunohistochemycal subtype classification markers. Finally, to observe the biological implications of the biomarker, we will modify the expression of TRIM29 in TN breast cancer cell lines, who do not express the gene, but also in those who overexpress it. Once we get modified cell lines, we will study the differences in TRIM29 and related genes expression, migration, proliferation and drug treatment resistance between control and modified cell lines.