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BioGRO: un nuveo método de alta resolución para el estudio de la transcripción naciente a escala genómica en levadura

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BioGRO: un nuveo método de alta resolución para el estudio de la transcripción naciente a escala genómica en levadura

dc.contributor.advisor	Pérez Ortín, José Enrique
dc.contributor.advisor	Pelechano García, Vicente José
dc.contributor.author	Jordán Plá, Antonio
dc.contributor.other	Departament de Bioquímica i Biologia Molecular	es_ES
dc.date.accessioned	2013-11-19T08:59:33Z
dc.date.available	2013-11-20T07:10:03Z
dc.date.issued	2013
dc.date.submitted	22-11-2013	es_ES
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/10550/31136
dc.description.abstract	Esta tesis parte de la existencia de una técnica genómica para el estudio de la transcripción naciente en levadura ampliamente utilizada y contrastada: el Genomic run-on, basada en la utilización de macrochips de las ORFs completas del genoma de S. cerevisiae. Debido a la aparición progresiva de nuevas plataformas que permiten interrogar la totalidad de las regiones del genoma, y a una resolución mayor, como los microchips de embaldosado o tiling arrays, el objetivo principal de esta tesis es la puesta a punto de una técnica adaptada a ellas que permita un análisis detallado de la transcripción naciente. Los objetivos concretos que se marcaron fueron: -Desarrollar un nuevo procedimiento de run-on a escala genómica que sustituya el uso de las plataformas basadas en radiactividad y aproveche las plataformas de más resolución, así como de las herramientas bioinformáticas necesarias para el análisis de los datos generados. -Estudiar los perfiles globales de transcripción naciente aprovechando el carácter específico de hebra de los datos para estudiar las dinámicas del transcriptoma global de levadura. Comparar y evaluar la complementariedad de los datos con otras medidas alternativas de tasas de transcripción existentes en la actualidad. -Aplicar la técnica al estudio del efecto de mutantes relacionados con el ciclo de síntesis y degradación del RNA para poder extraer información sobre el funcionamiento de la maquinaria transcripcional y su regulación. -Detectar posibles patrones de actividad de las RNA Polimerasas a lo largo de los transcritos y de las zonas flanqueantes que pudieran obedecer a condicionantes impuestas, tanto por su contexto cromatínico, como por otros factores. -Caracterizar la transcripción naciente producida por las otras RNAP nucleares de levadura. -Desarrollar un protocolo que permita analizar los RNAs nacientes a la máxima resolución mediante secuenciación masiva.	es_ES
dc.format.extent	225 p.	es_ES
dc.language.iso	es	es_ES
dc.subject	transcriptómica	es_ES
dc.subject	biología molecular	es_ES
dc.subject	genética molecular de levaduras	es_ES
dc.title	BioGRO: un nuveo método de alta resolución para el estudio de la transcripción naciente a escala genómica en levadura	es_ES
dc.type	info:eu-repo/semantics/doctoralThesis	es_ES
dc.subject.unesco	UNESCO::CIENCIAS DE LA VIDA	es_ES
dc.embargo.terms	0 days	es_ES