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Biodiversidad bacteriana marina: nuevos taxones cultivables

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Biodiversidad bacteriana marina: nuevos taxones cultivables

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dc.contributor.advisor Macián Rovira, M Carmen
dc.contributor.advisor Ruiz Arahal, David
dc.contributor.advisor Pujalte Domarco, MªJesús
dc.contributor.author Lucena Reyes, Teresa
dc.contributor.other Departament de Microbiologia i Ecologia es_ES
dc.date.accessioned 2012-06-13T09:54:30Z
dc.date.available 2012-06-13T09:54:30Z
dc.date.issued 2012
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/10550/23964
dc.description.abstract Se presenta un estudio sobre la diversidad cultivable del ambiente marino empleando técnicas de cultivo tradicionales e identificación mediante secuencia parcial (aproximadamente 1000 bases) del gen ribosomal de la subunidad menor de aislados bacterianos quimioheterótrofos obtenidos a partir de agua del Mar Mediterráneo y ostra cultivada. Dado el enfoque taxonómico del estudio, las cepas consideradas de interés han sido aquellas cuya secuencia del gen 16S rRNA presentaban una semejanza menor del 98,0% con las de las cepas tipo de las especies más cercanas. Las bacterias marinas seleccionadas por su novedad taxonómica se han sometido a una caracterización polifásica para su descripción y propuesta como nuevos taxones (géneros y especies). La caracterización fenotípica se ha realizado mediante determinación del perfil de actividades enzimáticas y metabólicas, caracteres fisiológicos (rangos de temperatura y salinidad, requerimientos iónicos específicos, relaciones con el oxígeno), caracteres nutricionales (fuentes de carbono, nitrógeno y energía, requerimiento de factores de crecimiento), caracteres morfológicos celulares y coloniales, movilidad (mediante microscopía óptica y electrónica), pigmentos, etc. Se ha complementado mediante sistemas multiprueba (galerías API y Biolog) y con el análisis de proteínas por espectrometría de masas (MALDI-TOF MS) con el fin de permitir una rápida diferenciación de los taxones. Además, se ha realizado la caracterización quimiotaxonómica, que incluye el perfil de ácidos grasos celulares (determinación por cromatografía de gases mediante el sistema MIDI), la composición de lípidos polares mayoritarios mediante cromatografía en capa fina (TLC) y el contenido en quinonas isoprenoides por cromatografía líquida de alta presión (HPLC). La caracterización genotípica ha incluido la determinación del contenido en bases guanina y citosina (G+C) del DNA. Además, se ha completado la secuencia del gen 16S rRNA (>1400 nucleótidos). Con las secuencias obtenidas se han elaborado los estudios filogenéticos basados en la comparación con las secuencias génicas de las especies tipo y representativas de los géneros más cercanos, permitiendo la reconstrucción filogenética empleando los algoritmos NJ, MP y ML disponibles en el paquete informático ARB. En algunos casos y con el fin de profundizar y resolver mejor las relaciones filogenéticas, se han analizado otros genes esenciales o ‘housekeeping’ (gyrB, recA, pyrH, …) tanto de forma individual como concatenados. Cuando la secuencia del gen 16S rRNA no bastaba para delimitar especies, se ha determinado el valor ANI (identidad nucleotídica media). Esta es una técnica de reciente aplicación en taxonomía bacteriana para la comparación de parejas de genomas, y que da la identidad de secuencia promedio que muestran todos los genes ortólogos compartidos. Este estudio ha permitido identificar a las proteobacterias como las bacterias quimioheterótrofas cultivables más abundantes en el agua de mar del Mediterráneo y confirmar la dominancia del género Vibrio, mientras que las bacterias pertenecientes a otros filos son de más difícil recuperación. La selección de las cepas de interés taxonómico y la caracterización taxonómica de éstas ha permitido reconocer siete nuevos taxones dentro de la clase Alphaproteobacteria y la descripción formal de dos nuevos géneros (Actibacterium y Phaeomarinomonas) y cinco nuevas especies (Actibacterium mucosum, Phaeomarinomonas mediterranea, Phaeomarinomonas costicola, Roseovarius litoralis y Tropicibacter multivorans). Del mismo modo, se han reconocido y descrito cuatro nuevas especies dentro de la clase Gammaproteobacteria, Haliea mediterranea, Photobacterium aphoticum, Vibrio aestivus y Vibrio quintilis. Además, se ha descrito un nuevo género y dos nuevas especies pertenecientes al filo Bacteroidetes, Euzebyella saccharophila, género nuevo con una sola especie, y Marinifilum flexuosus. El análisis comparativo genómico, utilizando parámetros no dependientes de anotación (ANIb, ANIm y TETRA) sobre datos de secuenciación masiva al azar, ha permitido delimitar especies de acuerdo con los umbrales propuestos, de modo satisfactorio. Este estudio ha puesto de manifiesto la existencia de taxones no descritos entre las poblaciones bacterianas fácilmente cultivables y procedentes de nuestro entorno inmediato. es_ES
dc.language.iso es es_ES
dc.subject Microbiología; Bacteriología; Taxonomía bacteriana es_ES
dc.title Biodiversidad bacteriana marina: nuevos taxones cultivables es_ES
dc.type info:eu-repo/semantics/doctoralThesis es_ES
dc.subject.unesco UNESCO::CIENCIAS DE LA VIDA::Microbiología es_ES
dc.subject.unesco UNESCO::CIENCIAS DE LA VIDA::Microbiología ::Bacteriología es_ES
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